按国家高校后勤改革的要求，2000年，河南中医学院总务基建处分离为后勤管理处与后勤服务中心（2004年 7月 22日改称为后勤集团公司）。后勤管理处作为甲方，对后勤集团公司行使监督和监控工作。后勤集团公司，作为乙方，按照市场化运作、企业化经营和社会化服务模式运行，全方位为学校教学、科研、医疗和师生生活提供服务保障工作。

2017年11月，根据学校机构调整的相关文件要求，原后勤管理处和原后勤集团公司合并成立河南中医药大学后勤服务中心，作为学校直属二级机构，为学校提供全方位的后勤服务保障工作。后勤服务中心共设置17个科室：党政办公室、后勤分工会、财务结算科、质量监控科、人力资源科、物资供应科、伙食管理科、动力保障科、宿舍管理科、教室管理科、校园环境科、交通管理科、工程修缮科、专家公寓科、物业管理科、住宅公寓管理科、留学生宿舍管理科。

后勤服务中心坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指引，在学校党委的正确领导下，围绕学校党政工作重点，认真贯彻落实党的十九大精神和学校第一次党代会精神，从大处着眼，从小处落脚，传承弘扬河南中医药大学精神，以“办好师生满意后勤”为服务理念，突显服务职能，坚持“抓细、抓微、抓常”，为广大师生提供优质、高效的后勤保障服务工作。